При выезде из Китая на контроле предъявляете паспорт с ВНЖ, вам ставят отметку о выезде. При въезде в ЕС показываете шенгенский паспорт для оформления визы и штампа. Пограничники работают с тем документом, который соответствует их юрисдикции. Так проходит выезд и въезд без лишних вопросов.